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Bolivia explotaba una mina y Chile pensaba que era de ellos. Los bolivianos hicieron caso omiso a las advertencias chilenas, y este ultimo le declaro la guerra a Bolivia y por el pacto, Peru se vio involucrado en el conflicto.
La Guerra del Pacífico, también denominada Guerra del Guano y el Salitre, fue un conflicto armado acontecido entre 1879 y 1883 que enfrentó a Chile contra los aliados Bolivia y Perú. La guerra se desarrolló en el océano Pacífico, en el desierto de Atacama y en las serranías y valles peruanos. La guerra fue un hito dramático en la historia de América del Sur y es una de las principales guerras de finales del siglo xix, por lo que ha atraído una considerable atención académica.4
En febrero de 1878 Bolivia estableció un nuevo impuesto a la empresa chilena Compañía de Salitres y Ferrocarril de Antofagasta (CSFA), en flagrante5 6 7 8 violación del tratado limítrofe de 1874 que prohibía nuevos impuestos o el aumento de estos. Chile protestó y solicitó someter el pleito a un arbitraje, pero el gobierno boliviano de Hilarión Daza consideraba el asunto como interno y sujeto a la jurisdicción de las cortes bolivianas.9 Chile insistió y advirtió al gobierno boliviano que Chile no se consideraría ligado al tratado limítrofe de 1874 si Bolivia no suspendía el impuesto. Por el contrario, el gobierno boliviano rescindió la licencia a la compañía chilena, embargó sus bienes, y los puso a remate. El día del remate, el 14 de febrero de 1879, fuerzas militares chilenas ocuparon Antofagasta sin resistencia, una ciudad mayoritariamente habitada por chilenos.
El Perú, que había firmado con Bolivia un Tratado de alianza defensiva con carácter secreto, ordenó preparar sus fuerzas militares y simultáneamente envió un diplomático a Chile para mediar. El 1 de marzo, Bolivia se declaró en estado de guerra contra Chile. Cuando Perú se negó a permanecer neutral, Chile declaró la guerra a ambos aliados el 5 de abril de 1879. El 6 de abril, Perú declaró el casus foederis, es decir la entrada en vigor de la alianza secreta con Bolivia.
El politólogo Ronald Bruce St. John señala en The Bolivia-Chile-Peru Dispute in the Atacama Desert:
Aunque el tratado de 1873 y la imposición del impuesto de los 10 centavos aparecen como causa de la guerra, hubo razones más profundas y fundamentales que desencadenaron las hostilidades en 1879. Por un lado, la fuerza, prestigio, y relativa estabilidad de Chile comparado con el deterioro económico y la inestabilidad política que caracterizó a Perú y Bolivia después de la independencia. Por otro lado, estaba en curso una lucha por la hegemonía económica y política en la región, complicada aun más por una profunda antipatía entre Perú y Chile. En ese ambiente, la vaguedad de las fronteras entre los tres países, añadido al descubrimiento de valiosos depósitos de nitrato y guano en los territorios disputados se combinaron para producir un conflicto de dimensiones insuperables.10En los primeros seis meses se definió la supremacía naval, indispensable para continuar la guerra en las zonas costeras del desierto de Atacama, en aquel tiempo accesibles solo por mar. Bolivia abandonó la guerra en 1880 tras la derrota aliada en la batalla de Tacna. El ejército del Perú fue derrotado un mes después en la batalla de Arica. Luego, las fuerzas chilenasocuparon Lima en enero de 1881, tras vencer en las batallas de Chorrillos y Miraflores al ejército peruano organizado en esa ciudad. Después de estos sucesos la guerra continuó por dos años más entre los remanentes del ejército peruano, guerrillas y montoneros contra las fuerzas chilenas de ocupación, hasta la firma del Tratado de Ancón en 1883.
Bolivia cedió a Chile la provincia de Antofagasta (Departamento del Litoral) y Perú la provincia de Tarapacá. Las fronteras definitivas se fijaron en el Tratado de 1904 entre Chile y Bolivia y entre Chile y Perú en 1929 en el Tratado de Lima tras el cual Chile devolvió Tacna al Perú y Arica fue cedida a Chile.