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Sin duda, es el área protegida y la zona de conservación más importante en los Andes occidentales del Ecuador, no solamente por su tamaño, sino también por el amplio rango de altitudes que cubre. Además incluye a varios grupos étnicos afroesmeraldeños y Chachis dentro de sus límites.
La Reserva cubre un extenso rango de altitudes y, por tanto, una gran diversidad de ecosistemas, que van desde el páramo de pajonal en la parte alta del volcán Cotacachi, hasta el bosque húmedo piemontano en las cuencas altas y medias de los ríos San Miguel, Santiago, Bravo y Guaduero. La mayor parte del área está cubierta por bosques, siendo los más representativos el bosque húmedo piemontano y el bosque de neblina montano. Hay además un porcentaje menor de bosque húmedo tropical, bajo los 1.000 m, y de bosque achaparrado y de Polylepis sobre los 3.000 m.
Existe también una reducida proporción de paisajes artificiales en forma de pastizales para ganado y tierras agrícolas. Toda el área incluida dentro de la Reserva está destinada a la conservación de su diversidad biológica (aunque también hay actividades extractivas ilegales en el interior), pero en los alrededores se da otro tipo de usos, como el manejo intensificado del bosque para extracción de madera, cacería, agricultura y ganadería. Adicionalmente, ciertas áreas son sitios turísticos, como la laguna de Cuicocha y el volcán Cotacachi.