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En la Intendencia de San Salvador , muchos criollos y otros colonos querían separar el control de la colonia de la Capitanía General de Guatemala. Una mayor autonomía administrativa o una independencia absoluta para San Salvador reduciría el alto nivel de impuestos pagados a España y Guatemala y aumentaría las finanzas de la colonia. La invasión de España por Napoleón Bonaparte en 1808 y la remoción de Fernando VII del trono español crearon una atmósfera de inestabilidad en San Salvador. Los insurrectos se organizaron junto con destacados partidarios de la clase media de la causa de la independencia, como médicos y sacerdotes que participaron en el evento.
Estos incluyeron médicos como Santiago José Celis , los hermanos y el sacerdote José Matías Delgado . Otros incluyeron a Manuel José Arce , Juan Manuel Rodríguez y Pedro Pablo Castillo . El 5 de noviembre comenzó la revuelta en san salvador. El propio Manuel José Arce fue elegido y seleccionado como líder por la multitud.
A pesar de esto, los insurrectos tomaron las armas y proclamaron la independencia total de San Salvador de la corona española, pero luego fueron sometidos. En los días siguientes, el movimiento de independencia se extendió a las ciudades de Santiago Nonualco, Usulután , Chalatenango , Santa Ana , Tejutla y Cojutepeque . El nuevo Intendente Coronel José de Aycinena , llegó el 8 de diciembre con tropas y sacerdotes guatemaltecos para obligarlos a jurar obediencia a la corona. Muchos de los involucrados en los eventos en El Salvador y Nicaragua fueron encarcelados, pero José Matías Delgado fue llevado de regreso con la delegación a la ciudad de Guatemala .
A pesar de sus actividades pasadas, o quizás debido a ellas, Delgado fue elegido en 1813 como representante en la Diputación Provincial de Guatemala creada por la Constitución española de 1812 . También se convirtió en director del Seminario Tridentino en la ciudad capital, por lo que no estaba en El Salvador en el momento de la segunda insurrección en 1814, por lo que no participó en ella. Fue nuevamente elegido diputado provincial en 1820 cuando se restauró la Constitución española y, el 15 de septiembre de 1821, se encontraba entre los que firmaron el Acta de Independencia de Centroamérica en la ciudad de Guatemala. El 28 de noviembre de 1821, se convirtió en jefe político de la Provincia de San Salvador, y como oficial ejecutivo, lideró su separación de Guatemala para evitar que la antigua intendencia se convirtiera en parte del Primer Imperio Mexicano .
Más tarde, Arce se convirtió en presidente de la República Federal de América Central de 1825 a 1829, una vez que la independencia total de España y México se convirtió en una realidad. "En El Salvador, el movimiento de independencia y la Revuelta de 1811 se conmemora oficialmente cada año el 5 de noviembre y se reconoce como el "Primer Grito de la Independencia de Centroamérica.