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El REY fue la máxima autoridad metropolitana y colonial, en consecuencia, su autoridad era suprema e inapelable en todos los asuntos del gobierno indiano. Era suprema porque no había ningún poder por encima de su voluntad y, en consecuencia, era inapelable: su decisión sobre cualquier asunto era la última y no podía reclamarse por sobre ella. Entonces no existía el concepto de división de poderes; el Rey era el supremo administrador, el supremo legislador y el supremo juez.Para ejercer esa autoridad sobre tan vastos y lejanos dominios, los monarcas españoles delegaron parte de su autoridad en las instituciones subordinadas, pero reservándose las decisiones últimas e importantes.
Esto último era consecuencia de la desconfianza de los reyes ante la posibilidad de que los magistrados locales actuaran por su cuenta. Por eso fue que crearon complicados y lentos sistemas de decisión: como era necesario contar con la autorización real y como los organismos subordinados se controlaban entre sí, la administración colonial resultó en muchos aspectos pesada e ineficaz.
Los monarcas absolutos asentaron su autoridad en el principio de que los habían delegado en ellos su poder para gobernar en la tierra. “El rey es puesto en la tierra en lugar de Dios para cumplir la justicia e dar a cada uno su derecho”. En la monarquía absoluta, el rey gobierna por voluntad de Dios sin intervención del pueblo, que sólo debe limitarse a acatar sus decisiones. En la democracia, el pueblo es soberano y delega parte de esa soberanía en los gobernantes.