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Los primeros cordados fueron los urocordados (llamados vulgarmente tunicados). Poseen notocordio. Aparecieron hace 540 millones de años. Actualmente existen especies bentónicas y planctónicas. Es probable que las planctónicas en un principio evolucionaran hacia el otro grupo de cordados: los cefalocordados.
¿Pero de dónde evolucionaron los cordados? Algunos científicos creen que de algún equinodermo o de otro animal, pero por el momento es un misterio. De todos modos, de eso no se trata este tema.
Los cefalocordados (llamados anfioxos, como el de la imagen inferior) tenían aberturas branquiales, notocordio, sistema digestivo, circulatorio y sensores de luz.
Es probable que con el tiempo, del notocordio apareciera la columna vertebral y después los huesos verdaderos. De los sensores de luz aparecerían los ojos.