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Nació en Quito el 20 de febrero de 1845, hijo del abogado Juan Borja y Lizarzaburu y de Manuela Leonor Pérez y Pareja, naturales de Guano y Quito, respectivamente.34Por parte de su padre, era descendiente directo de Juan de Borja y Enríquez de Luna, III duque de Gandía y Juana de Aragón y Gurrea; el primero, nieto del Papa Alejandro VI (Rodrigo de Borja);5 la segunda, nieta del rey Fernando II de Aragón, descendiente de los reyes de Navarra y la corona de Aragón.6 Por parte de su madre, era descendiente de los Marqueses de Casa Fiel Pérez Calisto.789 Su madre se encargo de impartirle su inicial instrucción, para después pasar a ingresar al Colegio San Vicente, de Latacunga, a los doce años de edad, centro educativo en el que solamente permaneció por un lapso de seis meses, a cabo de los cuales retornó a Quito para ingresar, esta vez, en el Colegio Seminario de San Luis.
En el 1859 su padre ejercía el cargo de Gobernador de la Provincia de Pichincha y la situación económica de su familia era bastante holgada