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La historia de Guayaquil es la sucesión de los hechos acontecidos dentro del actual territorio guayaquileño, con la aparición de hechos aislados debido a la naturaleza geográfica de su región natural. Guayaquil, al igual que su provincia y región, ha sufrido radicales e importantes cambios de gobierno y de división territorial, con lo cual se puede clasificar su historia en cuatro partes: la era precolombina en donde comienza el proceso poblacional e integración de tribus aborígenes en la región, la era colonial desde los primeros asentamientos españoles hasta el crecimiento urbanístico, la era independentista que abarca la emancipación y un breve período autónomo, y la era republicana desde la creación de Ecuador en1830. como la siguiente
Antes de la colonización europea en el continente americano, los territorios de la región en donde se ubica Guayaquil estaban habitados por diversastribus de culturas que se habían establecido desde el período precerámico, alrededor de 5.000 y 7.000 a. C., evolucionando hasta tomar formas de naciones independientes a hasta el siglo XVI. Entre las principales culturas precolombinas estaban los huancavilcas, los cuales dominaron la región desde el siglo VII hasta poco después de la llegada de Colón a América. Sin embargo, existía la presencia de varias otras tribus en el área de la cuenca y delta del río Guayas, como los chonos y los punaes. Todas las culturas prehispánicas presentan muestras de comercio marítimo con otras culturas del litoral sudamericano (en el actual Perú) e incluso con pueblos centroamericanos (en el actual México). Tras el comienzo de la expansión del Imperio español en el actual territorio ecuatoriano, comenzó un proceso de conquista con el propósito de establecer una ciudad que sirva de puerto comercial en la Mar del Sur, lo cual se inició en 1534 y, tras varias reubicaciones y disputas con las tribus nativas del sector, terminó de establecerse en su actual asentamiento en 1547 bajo el nombre de Guayaquil.