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Los delfines, junto con las ballenas y las marsopas, descienden de mamíferos terrestres, más precisamente de los Artiodáctilos. Los esqueletos de los delfines modernos tienen dos pequeños huesos en la pelvis, que indican que alguna vez tuvieron extremidades posteriores.
Un largo proceso evolutivo ha llevado a un pequeño animal terrestre a vivir en el mar hasta transformarse en el actual delfín. Primero tuvo la forma enteramente terrestre hace unos 50 millones de años, por lo tanto, se desarrolla en el transcurso de la Era Terciaria. La forma anfibia se alcanzó después de cinco millones de años, y otros tantos fueron necesarios para que se formara la característica cola con aleta horizontal. Las sucesivas transformaciones se dieron en la dirección de afianzar su especialización, y se refieren al aumento de la masa cerebral y al nacimiento de una forma alargada del morro, con una dentadura diferente.