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Martín de Porres o Porras fue hijo de un noble burgalés, caballero de la Orden de Alcántara, Juan de Porres (según algunos documentos, el apellido original fue Porras) natural de la ciudad de Burgos, y de una negra liberta (horra), Ana Velázquez, natural de Panamá que residía en Lima.
Su padre no podía casarse con una mujer de su condición, porque era muy pobre, lo que no impidió su amancebamiento con Ana Velázquez. Fruto de esta relación nació Martín y, dos años después, Juana, su única hermana. Martín de Porres fue bautizado el 9 de diciembre de 1579 en la Iglesia de San Sebastián de Lima.
Ana Velázquez dio cuidadosa educación cristiana a sus dos hijos. Juan de Porres estaba destinado en Guayaquil, y desde ahí les proveía de sustento. Viendo la situación precaria en que iban creciendo, sin padre ni maestros, decidió reconocerlos como hijos suyos ante la ley. En su infancia y temprana adolescencia sufrió la pobreza y limitaciones propias de la comunidad de raza negra en que vivió.
Se formó como auxiliar práctico, barbero y herborista. En 1594, a la edad de quince años, y por la invitación de Fray Juan de Lorenzana, famoso dominico, teólogo y hombre de virtudes, entró en la Orden de Santo Domingo de Guzmán bajo la categoría de «donado», es decir, como terciario por ser hijo ilegítimo (recibía alojamiento y se ocupaba en muchos trabajos como criado). Así vivió nueve años, practicando los oficios más humildes. Fue admitido como hermano de la orden en 1603. Perseveró en su vocación a pesar de la oposición de su padre, y en 1606 se volvio fraile profesando los votos de pobreza, castidad y obediencia.