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Los reptiles surgieron de alguna clase de anfibios, pero se desconocen los detalles de sus comienzos. Los restos de los reptiles más primitivos conocidos han sido hallados a comienzos del Carbonifero superior (hace unos 315 millones de años). Eran pequeños animales terrestres con un cierto parecido a los lagartos.
La región temporal del cráneo, detrás de las órbitas, se considera como un factor decisivo en la clasificación de los reptiles. Una característica distintiva de las diversas subclases es el número y naturaleza de los orificios de esta región craneal llamada "gena". En los reptiles más primitivos dicha región presenta una cápsula ósea entera sin aberturas o ábsides. Por ellos se sitúan en la subclase Anápsida.
En los reptiles parecidos a los mamíferos aparece una sola abertura con una barra ósea por debajo de ella, lo que podría estar asociado con cambios en el anclaje de los músculos del maxilar inferior. Dichos reptiles forman la subclase Pansida.