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El templo es el segundo más grande de Guayaquil, luego de la Catedral San Pedro Apóstol y posee una capacidad para 2.300 personas.
Su historia empezó en Junio de 2009, cuando en la Iglesia Catedral San Pedro Apóstol, se realizó la develación de un altar del Señor de la Divina Misericordia, que contó con una masiva concurrencia, lo cual evidenció la gran cantidad de devotos que hay en esta ciudad. Por ello, el arzobispo guayaquileño, monseñor Antonio Arregui, pidió a la Asociación de la Divina Misericordia que construya un santuario, en nuestra ciudad.
Así, el 26 de Septiembre de 2009, se puso la primera piedra de este proyecto, construido por fases, por el arquitecto Eduardo Romero. El 26 de junio del 2011, se inauguró la primera parte que consistió en la primera cúpula y el altar. En mayo de 2012 se inauguró la segunda parte (la segunda cúpula) y en julio del 2013, se terminó con la tercera etapa.
La obra, hecha con el aporte de empresarios y fieles de la ciudad, tiene un área de 110.000 metros cuadrados, comprende además, una casa de retiro, áreas recreativas, casa para sacerdotes, área para catequesis y evangelización, espacio para 2000 michos, y un parque para 120 vehículos. El santuario mide 29 metros de alto y tiene capacidad para 2.200 personas sentadas en 248 bancas.