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Luego estudió en el Colegio Nacional de Concepción del Uruguay, adonde su padre se había trasladado llamado por Justo José de Urquiza,1 junto con sus hermanos Celedonio y Marcos. A pesar de presentar un alto grado de interés por la medicina, en 1858 ingresó a la carrera militar, con los despachos de alférez de artillería, sirviendo en la brigada de artillería "7 de octubre" del Regimiento 1.º de Línea de Entre Ríos. Participó en la guerra entre Buenos Aires y la Confederación Argentina, ocurrida entre 1859 y 1861.
Participó también en la de la Guerra de la Triple Alianza contra el Paraguay, nombrado comandante del regimiento de Guardias Nacionales de la provincia de Salta en el año 1865. En esa guerra murieron su padre y dos de sus hermanos. Regresó a su país —con el rango de coronel, ganado en la Batalla de Curupaytí— antes del final de la guerra; a fines de 1868 fue enviado a la Puna a repeler el último intento de insurrección del caudillo Felipe Varela, que fue derrotado por uno de sus subordinados.
A órdenes del gobernador correntino Santiago Baibiene combatió la rebelión federal de Ricardo López Jordán en 1871, siendo su participación crucial en la batalla de Ñaembé. Al finalizar la Revolución de 1874 alcanzó el grado de general, tras vencer al general rebelde José Miguel Arredondo —quien respondía políticamente a Bartolomé Mitre— en la batalla de Santa Rosa.