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Pasteur utilizó un nuevo método para eliminar los microorganismos que pudieran degradar el vino o la cerveza: después de almacenar el líquido en cubas bien selladas se elevaba su temperatura hasta los 44 °C durante un breve periodo de tiempo. Comprobó experimentalmente que las poblaciones de bacterias del género Acetobacter se reducían en extremo hasta quedar "casi esterilizado" el alimento. A pesar del horror inicial de la industria ante la idea de calentar el vino, un experimento controlado con lotes de vino calentado y sin calentar demostró de forma contundente la efectividad del procedimiento. Con posterioridad, Charles North aplicó con éxito el mismo método de Pasteur a la leche en el año 1907. Pasteur dio el primer paso en el que sería este nuevo método, denominado posteriormente "pasteurización" en su honor, y lo fue aplicando a otros alimentos líquidos. Este proceso se aplica hoy en día como norma de higiene en muchos procesos básicos de la industria alimentaria y proporciona una garantía de la seguridad de muchos productos alimenticios de manera eficaz en todo el mundo.
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