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En ese mismo año un puñado de ciudades y provincias colombianas - Antioquia (el 31 de agosto), Quibdó (el 16 de septiembre), Neiva (el 22 de septiembre) y Nóvita (el 27 de septiembre) - conformaron sus "juntas supremas de Gobierno".
Vendrían en el antiguo Virreinato de la Nueva Granada años de discusiones, y hasta los primeros conflictos internos armados, para definir qué tipo de organización política darles a los territorios liberados de la metrópoli.
Al principio, no todos los cabildos querían la independencia ni compartían los mismos modelos. Cartagena de Indias, la segunda ciudad más importante, desconoció la autoridad de la junta santafereña, mientras Mompox, a su vez, buscó independizarse de los cartageneros, como Cali de Popayán, Sogamoso de Tunja, entre otros.