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La Inquisición era considerada como tribunal secular y a la vez eclesiástico, las funciones del santo oficio estuvieron encuadradas por la preservación de la ortodoxia religiosa en su máxima expresión.
Un Predicador del Santo Oficio fue enviado a Brasil entre 1590 y 1595. El tribunal se halló establecido en Iberoamérica sobre las mismas bases que en España: lo componían cuatro jueces vinculados al Consejo de la Suprema Inquisición en Madrid.
Ellos nombraban a los comisarios entre las diferentes localidades de españoles, y se apoyaban sobre toda una jerarquía que comprendía desde un alguacil hasta los simples familiares o delatores. Estos últimos insertaron la santa Inquisición en una gran red de clientelismo, a cambio de ser denominados como viejos cristianos y obteniendo privilegios e inmunidades. En 1619 se instaló en Cartagena de indias, en el gran puerto de las costas caribeñas de la actual Colombia.