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Faltaban pocos días para finalizar el mandato de Balta y producirse la ascensión al poder de Pardo, cuando el 22 de julio de 1872 estalló la rebelión de los hermanos Gutiérrez, cuatro coroneles encabezados por Tomás Gutiérrez, entonces ministro de Guerra. Éste, temeroso de que bajo un gobierno civil perdiesen los militares sus privilegios, y, al parecer, instigado por prominentes políticos, apresó al presidente Balta y se autoproclamó Jefe Supremo de la República. La armada, entre cuyos oficiales se contaban marinos de la talla de Miguel Grau y Aurelio García y García, se pronunció contra la intentona de los Gutiérrez.
Pardo se refugió en la embajada brasileña; por los techos pasó a una casa amiga, la del doctor Ygarza y huyó disfrazado de carretero de la ciudad, con rumbo sur. Llegó hasta Chilca, donde debía recogerlo un buque de la escuadra, pero al no aparecer este, tomó un bote de pescador y se hizo llevar a alta mar, donde finalmente lo recogió Miguel Grauen el monitor Huáscar, pasando luego a la fragata Independencia .
El cuartelazo derivó en el asesinato del presidente Balta y la subsiguiente rebelión popular en contra del gobierno de facto, que acabó de la manera más ignominiosa, con la muerte de tres de los hermanos Gutiérrez en las calles, entre ellos Tomás.