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Los procariotas o procariontes desempeñan muchas funciones importantes. Una gran variedad de bacterias, incluidas las cianobacterias, llevan a cabo el proceso vital de fijación de nitrógeno; pueden convertir el nitrógeno atmosférico en compuestos nitrogenados que pueden ser utilizados por otros organismos como fuentes de alimento. Los procariotas fotosintéticos atrapan la energía del Sol y liberan a la atmósfera cantidades importantes de oxígeno. Otros procariotas ayudan a los animales a digerir la comida.
Algunos intervienen en el ciclo del nitrógeno, del azufre o del carbono. Muchos procariotas tienen una gran importancia médica y económica para los seres humanos. Por ejemplo, muchas bacterias son responsables de enfermedades como la tuberculosis, el tétanos, el cólera, la peste, la tos ferina, la neumonía, la sífilis o el botulismo. Otras bacterias son utilizadas en la producción industrial de vitaminas, disolventes orgánicos, enzimas y productos alimenticios, así como para producir medicamentos por un proceso de ingeniería genética. Las arquebacterias mantienen ecosistemas extremos como las grietas hidrotermales, sirviendo de alimento a numerosos organismos. Las arquebacterias productoras de metano son utilizadas en el tratamiento de aguas residuales.
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