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El principal motivo de preocupación es que en el proceso de extracción de las células madre se destruye el embrión. Según la Academia Nacional de Ciencias, de ese modo “se priva al embrión de la posibilidad de convertirse en un ser humano completo. Para quienes creen que la vida comienza en el momento de la concepción, la investigación con células madre embrionarias viola los principios que prohíben la destrucción de la vida humana y la utilización de esta como medio para alcanzar otros fines, prescindiendo de lo nobles que sean”.
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