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El cambio de mentalidad de mediados de siglo, una vez que la Reforma protestante triunfó en Alemania, Inglaterra y otros territorios, tuvo especial repercusión en España, donde coincidió con el acceso al trono de Felipe II. La sociedad española, que se desenvolvió en un ambiente de tolerancia intelectual y religiosa en la primera mitad del siglo xvi, se convirtió en defensora de la más rígida ortodoxia católica en la segunda mitad del siglo.
Defensa de la ortodoxia
En vanguardia de esa defensa se colocaron los teólogos españoles asistentes al Concilio de Trento y una nueva orden religiosa, la Compañía de Jesús, creada por Ignacio de Loyola. A pesar de ello, fue esta compañía la más representativa de la época por su modernidad organizativa y por su enorme dinamismo. Aunque los jesuitas no contaron, generalmente, con demasiadas facilidades en la España de Felipe II, a finales del siglo XVI pasaban de 2.000 y estaban sólidamente establecidos en el país.
Intolerancia social e Inquisición
A la vez que se acentuaba la defensa de la ortodoxia, se creaba en la sociedad española una progresiva intolerancia ideológica que contribuyó a que se acentuara la separación entre los cristianos viejos y los cristianos nuevos, es decir, los descendientes de musulmanes o de judíos conversos. Algunos de estos, como el humanista Luis Vives, tuvieron que desarrollar su labor intelectual en el extranjero. La obsesión por la limpieza de sangre se extendió.
La actuación secretista de la Inquisición fue decisiva, ya que fomentó el miedo en la sociedad. El ambiente inquisitorial alcanzó su punto culminante en los años centrales del siglo. El descubrimiento y supresión de dos minoritarios focos protestantes en Sevilla y en Valladolid inició un período de extraordinario endurecimiento: se estableció la prohibición de importar libros extranjeros y la prohibición a los españoles de estudiar o de enseñar en universidades extranjeras, entre otras medidas.
Aunque esta actitud de intolerancia se dulcificó a partir de 1573, tuvo consecuencias muy negativas para la cultura española. Frenó el desarrollo de los saberes humanísticos y de nuevas vías de experiencia religiosa. Estudiosos de la Biblia, como fray Luis de León, estuvieron en el punto de mira de los tribunales inquisitoriales. Lo mismo ocurrió con santa Teresa y san Juan de la Cruz, quienes, a pesar de ello, reformaron la orden del Carmelo animando al mismo tiempo una profunda corriente mística que se mantuvo finalmente dentro de la ortodoxia católica.