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El relato de Juan Salvo empieza en una fría noche de invierno en su casa en Vicente López, en la que se encuentra junto a su esposa Elena, su hija Martita y sus amigos Favalli, Lucas y Polsky. Mientras los cuatro hombres juegan al truco, escuchan en la radio una extraña noticia respecto de una explosión en el océano Pacífico, justo antes de que se corte la luz. Junto con este fenómeno, los habitantes de la casa notan un inusual silencio en la calle, y al mirar por la ventana descubren que la ciudad está cubierta por una especie de nieve luminiscente que cae en copos globulares desde el cielo; también distinguen varios cadáveres de transeúntes y vehículos chocados. Tras observar a los vecinos de enfrente abrir la ventana para ver qué sucedía y verlos morir al instante del contacto con la «nieve», los cuatro amigos deducen que la extraña nevada es el motivo del silencio. Salvo, entonces, corre desesperado al cuarto de su hija temiendo que hubiese una ventana abierta, pero encuentra que debido al intenso frío la casa había sido cerrada herméticamente. Sin embargo, Polsky, preocupado por su esposa e hijos, abandona la casa desoyendo las advertencias de sus amigos y fallece tras dar unos pasos en la calle. Favalli, profesor de Física de gran erudición e ingenio, encuentra la solución para no morir de inanición: crear un traje aislante que proteja al cuerpo de cualquier contacto con los copos mortales. Gracias al traje, Juan Salvo puede salir a la calle a buscar en las tiendas cercanas los suministros necesarios para subsistir. En la ferretería del barrio se agrega a un nuevo personaje al grupo: Pablo, un chico de doce años, quien se había salvado del efecto de la nevada gracias a haber sido encerrado en el sótano por el dueño del local.
El rasgo más destacado de la obra por historietistas y periodistas especializados es la amplitud de interpretaciones sutiles, referencias veladas o segundas lecturas (algunas incluso involuntarias) que podrían hacerse de la misma. El propio Oesterheld, por ejemplo, indica que en El Eternauta el protagonismo siempre recae en un grupo de personas, más grande o más pequeño, conformando un «héroe en grupo» al que considera más valioso que el clásico héroe individual que triunfa sin ayuda de otros.
El comentario más frecuente señala en los invasores y en sus métodos referencias veladas a los golpes de estado que a menudo vivía el país. En este sentido, cabe señalar que las tres versiones escritas por Oesterheld (la primera, la de Breccia y la segunda) coincidieron con los gobiernos de facto de Pedro Eugenio Aramburu, Juan Carlos Onganía y el Proceso de Reorganización Nacionalrespectivamente.
También se ha señalado que —exceptuando a los «Ellos», que son mencionados pero no aparecen en ningún momento— ninguno de los invasores es realmente de naturaleza malvada: se trata de seres forzados a cumplir la voluntad de otros. En este detalle se ha querido ver una crítica a la guerra en forma conceptual, o incluso un alegato sobre la lucha de clases.