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Explicación:
Cuando hagamos comparaciones usando las técnicas de matriz de puntos (dot-plot), será necesario definir una estrategia de comparación basado en la definición de la llamada ventana, que no es más que el número de bases o aminoácidos que deben ser considerados en las comparaciones.
Por ejemplo, en las comparaciones con secuencias de ácidos nucleicos podría ser conveniente indicar que se use una ventana de 25 bases,, y que sea considerada una comparación significativa si 12 de esas bases coinciden entre las dos secuencias que se comparan.
Las recomendaciones son:
La mejor de todas es que NO existen normas fijas que permitan obtener siempre buenos resultados. Es mejor realizar siempre varias comparaciones y bajo diferentes condiciones de estringencia hasta encontrar los resultados más satisfactorios.
En general hay, si se quiere compara secuencias de ácidos nucleicos, resulta recomendable seleccionar vantanas de mayor longitud que cuando se comparan secuencias de proteínas. Esto se debe, entre otros hechos, a que las coincidencias aleatorias que suceden en el DNA, que tiene 4 bases, son mucho más frecuentes que lo que puede ocurrir con las proteínas que están constituidas por 20 aminoácidos diferentes. Vease la tabla y úsese como una guía genérica.
Tipo de Secuencia
Consideraciones / Observaciones
Ventana Recomendada / Coincidencias
Ácidos Nucleicos
Búsquedas convencionales
15-20 bases / 10-15 coincidencias
Ácidos Nucleicos / Proteínas
Búsqueda de dominios o estructuras ya definidas o conocidas
Doble de la longitud de la secuencia buscada / 60% de la longitud (1)
Proteínas (2)
No se sospecha similitud entre las dos proteínas
2-3 aa / 2 coincidencias
Proteínas (2)
Proteínas relacionadas, pero con largos trechos no similares
20 aa / 5 coincidencias