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En 1819, el general José de San Martín inició sus preparativos para organizar una expedición al Perú. Llegando desde Chile en septiembre de 1820 con 4.500 efectivos. Dicha fuerza alcanzaría los 10.000 efectivos con el alistamiento de 6.000 peruanos. Sobre la base de éstos hombres se organizan las primeras unidades netamente peruanas: Escuadrón Auxiliares de Ica, Batallón Cazadores del Ejército, Batallón Veteranos de Jauja. Las fuerzas expedicionarias del Libertador Simón Bolívar estuvieron conformadas por fuerzas peruanas y colombianas destacándose en las batallas de Pichincha que sella la independencia de Ecuador y en las de Junin y Ayacucho
En 1825, se organiza el Ejército acorde a lo estipulado en las ordenanzas para el tiempo de paz. Se suprimió el Estado Mayor y se organizó la inspección de Infantería y caballería. Se aprobó el primer reglamento orgánico y se incrementaron los efectivos
Las primeras grandes acciones bélicas del ejército peruano se dieron entre 1828 y 1841 con motivo de las guerras contra Colombia que reclamaba territorios peruanos en la Amazonía y la de restauración que dirigían desde Chile los Emigrados Peruanos, contra la Confederación Peruano-Boliviana al mando del Mariscal Andres de Santa Cruz; así como la campaña de Bolivia conducida por el presidente Agustín Gamarra, que fue derrotado y muerto en la batalla de Ingavi (1841).
Luego de una etapa de anarquía política, a partir de 1845, con el primer gobierno de Ramón Castilla, la fuerza armada se fortalece y moderniza, con la ayuda del auge económico vivido por las rentas del guano. Se compra nuevo armamento y se modernizan los equipos, lo que permiten una victoria sobre Ecuador en 1862 y otra en el combate del 2 de mayo de 1866. Los conflictos entre civiles y militares que llegan por primera vez a su fin en 1872, con la asunción de Manuel Pardo como primer presidente civil del país, hacen que se reduzca el personal y se debilite el mando, con lo que el Perú pierde la Guerra del Pacífico. De ella, surgen las figuras como Andrés Avelino Cáceres y Nicolás de Piérola, quienes en forma alternada van a realizar la reconstrucción nacional. Este objetivo paso necesariamente por una modernización. Fue por ello que se iniciaron las gestiones para contratar una misión militar extranjera, la misma que se concretó en 1896, con la llegada de la primera Misión Militar Francesa, al mando del coronel Paul Clement. De esa época proviene la actual tradición y usos afrancesados del actual ejército peruano, sobre todo el uniforme de los cadetes de la Escuela Militar de Chorrillos creada para formar a las generaciones de oficiales del ejército.
A comienzos del siglo XX se realiza un proceso de regionalización militar, acorde con las necesidades integrales del país, dándose una renovación doctrinaría y académica en los centros de instrucción militar.
Esta positiva acción de la misión Militar francesa, a la que se suman aportes de Alemania e Italia, así como el aporte de oficiales peruanos que habían estudiado en el extranjero, trajo como consecuencia las victorias militares obtenidas contra Colombia (1911 y 1932) y Ecuador (1941).
Más tarde, las dos guerras mundiales trajeron un rápido desarrollo de la doctrina y tecnología militar. El país vencedor y por lo tanto hegemónico, los Estados Unidos, lideró la defensa continental. Esto involucró la creación de la Junta Interamericana de Defensa y la firma del Tratado Interamericano de Asistencia Reciproca en septiembre 1947. Cabe destacar que el Ejército del Perú nunca envió tropas al exterior durante la Segunda Guerra Mundial excepto por algunos voluntarios que participaron en la fase final de la misma entre 1944 y 1945.
La mujer es incorporada al servicio militar en 1993 y su completa asimilación se dio con el primer contingente de damas que ingresó a la Escuela Militar de Chorrillos en 1997.