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La organización política del Virreinato estaba conformada por diversos reinos, capitanías generales y señoríos, jerárquicamente organizados bajo el comando del virrey, quien a su vez obedecía a las autoridades peninsulares de la corona, en el Real Consejo de Indias.
El virreinato constituyó la máxima expresión territorial y político-administrativa que existió en la América española y estuvo destinado a garantizar el dominio y la autoridad de la monarquía peninsular sobre las tierras recientemente descubiertas.
Gobernaciones Fueron las primeras instituciones creada por el gobierno español en América; sirvieron para administrar y defender regiones periféricas en pleno período de conquista. Al llegar este a su fin, las gobernaciones dieron paso a dos instituciones: el virreinato y la capitanía general.
La Real Audiencia fue el más alto tribunal judicial de apelación en las Indias, pues contó con jurisdicción civil y criminal y una amplia competencia extendida incluso al ámbito eclesiástico. Esto último debido a una de las facultades que el Real Patronato otorgó a la corona.