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La Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Decana de América, fundada el 12 de mayo de 1551, fue el inicio de la historia universitaria del continente. Los dominicos en sus conventos del Cusco, principal ciudad peruana en el siglo XVI, y de Lima, estudiaban Artes y Teología para ejercitar a los antiguos miembros y preparar a los novicios de la Orden. El incremento de los estudios superiores determinó que, en el capítulo del célebre convento cusqueño (01/07/1548), Fray Tomás de San Martín solicitase fundar una universidad o Estudio General en Lima o también llamada Ciudad de los Reyes.
La iniciativa eclesiástica fue acogida y recibió un poderoso impulso laico del cabildo limeño. Se nombraron dos procesadores, civil y eclesiástico, los que al término de una feliz gestión determinaron la fundación de la Universidad.
Esta fue hecha por Real Cédula firmada por el rey Carlos V en la ciudad de Valladolid, el 12 de mayo de 1551, y llevó por nombre Universidad de Lima. Es a partir de 1574 que toma el de Universidad de San Marcos.
La Universidad inició funciones el 2 de enero de 1553 en la sala capitular del Convento del Rosario de la Orden de los Dominicos, con la concurrencia de la Real Audiencia presidida por el licenciado Andrés Cianca y el enviado de la Corona D. Cosme Carrillo, primer miembro laico del cuerpo docente.
Durante la época virreinal las Facultades fueron cinco. En el período republicano, hasta 1969 llegaron a diez. Al inaugurarse los estudios de la Universidad sus asignaturas iniciales correspondían a las Facultades de Teología y Arte.
Con la incorporación de graduados en Derecho aparece la Facultad de Cánones. Luego se crea la Facultad de Leyes. La Facultad de Medicina funcionó en el siglo XVII.