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Se le dice así porque desde tiempos lejanos sólo se conocían los eventos que producían un cambio de color en el agua, y los más conocidos son coloraciones de color rojizo y por ello se popularizó ese nombre
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Darwin, a través de la observación con un lente de aumento, se percata que el color pardo rojizo del mar se debe a la presencia de confervas (algas filamentosas) en paquetes cilíndricos que contienen una cantidad considerable de “plantitas”, reconociendo a estos paquetes como “numerosas algas filamentosas”. Efectivamente, el conocimiento actual de los organismos que producen los fenómenos de marea roja indica que son principalmente algas microscópicas. El nombre “marea roja” se debe a que comúnmente el color producido por la gran cantidad de organismos (frecuentemente dinoflagelados) que crecen durante estos eventos es rojizo , pero hoy sabemos que una marea roja puede tener un color verde, amarillo, naranja o pardo, dependiendo de la cantidad de pigmentos del alga que producen este fenómeno.
La marea roja estuvo asociada durante mucho tiempo a la idea de toxicidad. Además de tratarse de una gran cantidad de microalgas concentradas en el agua, éstas resultaban ser venenosas para los organismos que se alimentaban de ellas, incluido el hombre a través del consumo de peces y moluscos. Este concepto de marea roja asociado a toxicidad no ha cambiado mucho, pero los estudios fisiológicos y químicos de los organismos que forman mareas rojas han permitido conocer un poco más acerca del efecto sobre el ambiente que ocasionan estos sucesos. De esta manera, actualmente se sabe que no todas las mareas rojas son tóxicas, es decir, no producen compuestos químicos que puedan envenenar a los organismos; solo hay un crecimiento excesivo de microalgas que se concentran en el agua. Sin embargo, ese crecimiento excesivo puede tener efectos negativos en el ambiente; por un lado, puede ocasionar una disminución en la concentración de oxígeno en el agua y, por otro, puede obstruir las branquias de los peces, ocasionando en ambos casos una mortandad de animales por falta de oxígeno