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Los genes de efecto materno son genes que se expresan en la hembra. Se distinguen tres sistemas en función del lugar en el que se manifiestan: el sistema anterior, el sistema posterior y el sistema terminal.1Los genes zigóticos: la expresión de los genes zigóticos está controlada por los genes de efecto materno. Algunos de ellos regulan la metamerización y otros determinan la diferenciación de los segmentos en función de su posición relativa al eje antero-posterior.Los genes gap: los genes gap dividen el embrión en grandes regiones con varios segmentos (los organismos con en los que tales genes han sufrido una mutación carecen de varios metámeros consecutivos. Entre ellos se encuentran Krüppel, knirps, hunchback, giant y tailless.Los genes de paridad segmentaria (pair rule genes): las mutaciones en estos genes provocan la desaparición de un segmento de cada dos. Su expresión depende tanto de los genes gap como de ellos mismos.
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