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Tradicionalmente se ha sostenido que el punto de origen de la domesticación del cacao se encontraba en Mesoamérica entre México, Guatemala y Honduras, donde su uso está atestiguado alrededor de 2,000 años antes de Cristo.
No obstante, estudios recientes demuestran que por lo menos una variedad de Theobroma Cacao tiene su punto de origen en la Alta Amazonía y que ha sido utilizada en la región por más de 5,000 años.
La cultura del cacao en Ecuador es antigua, se sabe que a la llegada de los españoles en la costa del Pacífico, ya se observaban grandes árboles de cacao que demostraban el conocimiento y la utilización de esta especie en la región costera, antes de la llegada de los europeos.
En el Ecuador actual se cultivan algunos tipos de cacao, pero la variedad conocida como NACIONAL es la más buscada entre los fabricantes de chocolate, por la calidad de sus granos y la finura de su aroma.
Sin embargo, la llegada de enfermedades severas como la monoliosis o la escoba de bruja, hace unos 100 años, engendró la introducción masiva de cacao extranjero, proveniente particularmente de Venezuela.
Estos cacaos se cruzaban con la variedad local, dando híbridos vigorosos y productivos, pero cuyos frutos tenían una calidad aromática menor que la original. Se pensó entonces que se debería poder encontrar los representantes de esta variedad ancestral, que se estaba paulatinamente perdiendo en el proceso de hibridación y poder así volver a recrear las variedades productivas con un gusto equivalente a la variedad nativa Nacional.
La hipótesis de la existencia de una variedad ancestral pudo ser verificada gracias al análisis de las colecciones antiguas de los diferentes cacaos del Iniap y de la Universidad Técnica Estatal de Quevedo (Uteq). Estas colecciones corresponden a los Árboles cultivados en toda la zona costera del Ecuador. Mediante los métodos de análisis de ADN desarrollados por el Cirad, algunos Árboles fueron identificados como los ancestros probables de todo el Pool híbrido actualmente cultivado en Ecuador. Los estudios de paternidad confirmaron esta hipótesis.
Sin embargo, el origen del cacao Nacional era todavía desconocido, por lo que hubo que recurrir a nuevos análisis de ADN para buscar pistas entre las distintas variedades nativas. Existen poblaciones de cacao salvaje en toda la región amazónica, desde Colombia hasta la Guyana y Brasil.
Desde hace varias décadas se ha hecho la búsqueda de estos tipos en estado natural. El material vegetal producto de esta amplia prospección se conserva actualmente en varias colecciones locales e internacionales. El proyecto de investigación tuvo acceso a estos materiales y pudo efectuar la comparación de las huellas genéticas de ADN del material salvaje con los representantes de la variedad nativa Nacional.