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Las elecciones presidenciales de 1898 se realizaron después de una campaña agitada por vientos de guerra. Desde marzo de 1897, a nombre de los liberales, Nicolás Esguerra había propuesto un frente nacional, con un ejecutivo plural de liberales y conservadores históricos que excluía del gobierno a los nacionalistas.12 Por su lado, el partido conservador se oponía continuamente a todo aquello que pudiese llegar a representar el gobierno de los nacionalistas; por ejemplo, declaraba en el acuerdo 3 del 17 de agosto de 1899: «1. Que en la actualidad no existe vínculo político ninguno entre el Gobierno, que es nacionalista y el Partido Conservador; y que, por el contrario, los miembros de esta comunidad son sistemáticamente alejados de la cosa pública...Acuerda 1. Declarar que el Gobierno actual, por su política y tendencias, no corresponde a los ideales, prácticas y aspiraciones del Partido Conservador».
Cuando Sanclemente no pudo asumir el poder y tuvo que delegarlo provisionalmente al vicepresidente José Manuel Marroquín por tres meses debido a quebrantos de salud,13 fue aprovechado por los conservadores históricos, ya que Marroquín era cercano a este bando.14 Los primeros actos de gobierno de Marroquín, en materia económica, sorprendieron a todos: los liberales lo aplaudieron y los nacionalistas se sintieron defraudados. Marroquín había comenzado a desmontar la política proteccionista de la Regeneración y a darle vía al libre cambio. Caro le envió mensajes de urgencia a Sanclemente para que viniera a posesionarse, generándose un vacío de poder que permitió que se dieran las condiciones para la guerra. Sanclemente asumió el poder en los primeros días de noviembre de 1898, poniendo fin, de esta forma, a los ochenta días de la administración Marroquín.
El vicepresidente Marroquín renunció acosado por las críticas de Caro el 20 de septiembre. El senado rechazó la renuncia al tiempo que los liberales anunciaban su apoyo entusiasta a las reformas librecambistas, cuyo paquete fue presentado por Marroquín en el senado el 26 de septiembre, con gran júbilo por parte de los comerciantes y diversas críticas de los industriales. El 4 de octubre Marroquín ofreció en palacio una velada cultural a la que fueron invitados los jefes liberales radicales.12
Las reformas políticas a favor del libre cambio que venían promoviendo los históricos y los liberales eran opuestas a los postulados nacionalistas de la Regeneración, por lo que no podía darse acuerdo alguno entre las agrupaciones. A su vez, en cuanto a la concepción del Estado, los postulados conservadores y liberales se oponían a los del Partido Nacional.
La negativa del Senado en octubre de aprobar la ley de elecciones, que los liberales uribistas consideraban garantía indispensable para la pureza del sufragio, fue una de las causas políticas principales del conflicto de la Guerra de los Mil Días. A partir de esta negativa, los liberales de Uribe Uribe llegaron a la conclusión de que por el camino de las urnas jamás tendrían acceso al poder.12
La guerra se inicia con el asalto de Bucaramanga por parte de liberales mal organizados, provocando la respuesta del gobierno central.
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