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Las ideas de la ilustración española, que enfatizaban la razón, la ciencia, la practicidad, la claridad en lugar del oscurantismo y lo ayudaban con y el secularismo, se transmitieron de Francia al Nuevo Mundo en el siglo XVIII, después del establecimiento intelectual y científico, con universidades hispanoamericanas cada vez más anti-escolásticas y opuestas a la "autoridad no probada" incluso antes de que los Borbones españoles llegaran al poder. La mejor estudiada es la Universidad de San Carlos de Guatemala, fundada en 1676.1
En la América española, igual que en España, la Ilustración tenía algunos aspectos del anticlericalismo, pero muchos sacerdotes estaban a favor de la ciencia y el pensamiento científico y eran practicantes. Algunos clérigos fueron defensores de la Ilustración, así como la independencia. Los textos ilustrativos que circulan en la América española se han relacionado con los fundamentos intelectuales de la independencia hispanoamericana. Las obras de los filósofos ilustrados eran de propiedad y lectura en la América española, a pesar de las restricciones en el comercio de libros y su inclusión en la lista de libros prohibidos de la Inquisición. Los jesuitas fueron instrumentales al introducir nuevas tendencias en filosofía en la América española, y luego de su expulsión en 1767, los franciscanos continuaron explorando esta línea de pensamiento. El clero secular hispanoamericano era propietario de tales trabajos, incluido el sacerdote mexicano Miguel Hidalgo y Costilla, cuyo libre pensamiento le había perdido su puesto como rector del seminario de San Nicolás y fue enviado a la pequeña parroquia de Dolores.
José Celestino Mutis, botánico de la Ilustración hispanoamericana.
Ilustraciones de botánico español José el trabajo de Celestino Mutis en Colombia.
Los sacerdotes persiguieron la ciencia, incluso en la era "barroca" del siglo XVII, el intelectual criollo más prominente del país, Don Carlos de Sigüenza y Góngora, así como la notable monja mexicana, Sor Juana Inés de la Cruz. En el siglo XVIII, había varios sacerdotes nacidos en España y en Estados Unidos que practicaban la ciencia. Entre ellos destacó el español José Celestino Mutis en Nueva Granada, quien dirigió la expedición botánica real a Nueva Granada. Fue educado en matemáticas, astronomía y medicina. Mutis entrenó a Francisco José de Caldas. En Perú, Hipólito Unanue, un clérigo secular formado en medicina, contribuyó a una publicación peruana, Mercurio Peruano. Similar a él era el clérigo secular mexicano José Antonio de Alzate y Ramírez, quien fundó importantes periódicos que difundieron el conocimiento sobre los hallazgos científicos, incluido el suyo. Alexander von Humboldt se reunió y consultó con Mutis, Caldas y leyó las obras de Alzate (quien murió justo antes de que Humboldt llegara a Nueva España) durante su expedición científica a la América española a principios del siglo XIX. Humboldt quedó impresionado por el nivel intelectual de la ciencia en la América española.2
Dos cepas de pensamiento filosófico eran evidentes en la América española, una era el despotismo ilustrado y las otras variaciones sobre el constitucionalismo. Las divisiones entre los clérigos en la América española eran entre los que apoyaban el regalismo, es decir, la supremacía de la corona sobre la Iglesia católica, y los que se adherían al ultramontanismo, apoyando el poder del papado sobre los monarcas. La corona española se movió para consolidar su supremacía sobre la Iglesia católica mediante la supresión de la Compañía de Jesús en España y en su imperio de ultramar en 1767. Los jesuitas eran "soldados del Papa", haciendo voto para servir al pontífice. Tuvieron éxito en sus misiones a los pueblos indígenas en las fronteras del imperio español, como el norte de México y el más famoso en Paraguay. Las instituciones educativas jesuitas tenían como alumnos a los hijos de españoles nacidos en Estados Unidos, y eran lugares donde se difundían las ideas de la Ilustración. Los jesuitas poseían un número considerable de haciendas rentables, o haciendas, que eran administradas eficientemente por jesuitas entrenados en administración. Su lealtad al papa y su desafío a la autoridad de la corona, así como su claro éxito en reinos importantes donde el clero diocesano u otras órdenes religiosas pudieron haber destacado, significó que su expulsión en 1767 no fue opuesta por la jerarquía episcopal u órdenes religiosas.