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Tradicionalmente, los historiadores han dividido la guerra en tres fases. Durante la primera, llamada la Guerra arquidámica, Esparta lanzó repetidas invasiones sobre el Ática, mientras que Atenas aprovechaba su supremacía naval para atacar las costas del Peloponeso y trataba de sofocar cualquier signo de malestar dentro de su Imperio. Este período de la guerra concluyó en 421 a. C., con la firma de la Paz de Nicias. Sin embargo, al poco tiempo el tratado fue socavado por nuevos combates en el Peloponeso lo que llevó a la segunda fase. En 415 a. C., Atenas envió una inmensa fuerza expedicionaria para atacar a varios aliados deEsparta. La expedición ateniense, que se prolongó del 415 al 413 a. C., terminó en desastre, con la destrucción de gran parte del ejército y la reducción a la esclavitud de miles de soldados atenienses y aliados.
Esto precipitó la fase final de la guerra, que suele ser llamada la Guerra de Decelia. En esta etapa, Esparta, con la nueva ayuda de Persia y los sátrapas (gobernadores regionales) de Asia Menor, apoyó rebeliones enestados bajo el dominio de Atenas en el Mar Egeo y en Jonia, con lo cual debilitó a la Liga de Delos y, eventualmente, privó a Atenas de su supremacía marítima. La destrucción de la flota ateniense enEgospótamos puso fin a la guerra y Atenas se rindió al año siguiente.