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La Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Decana de América, fundada el 12 de mayo de 1551, fue el inicio de la historia universitaria del continente. Los dominicos en sus conventos del Cusco, principal ciudad peruana en el siglo XVI, y de Lima, estudiaban Artes y Teología para ejercitar a los antiguos miembros y preparar a los novicios de la Orden. El incremento de los estudios superiores determinó que, en el capítulo del célebre convento cusqueño (01/07/1548), Fray Tomás de San Martín solicitase fundar una universidad o Estudio General en Lima o también llamada Ciudad de los Reyes.
La iniciativa eclesiástica fue acogida y recibió un poderoso impulso laico del cabildo limeño. Se nombraron dos procesadores, civil y eclesiástico, los que al término de una feliz gestión determinaron la fundación de la Universidad.
Esta fue hecha por Real Cédula firmada por el rey Carlos V en la ciudad de Valladolid, el 12 de mayo de 1551, y llevó por nombre Universidad de Lima. Es a partir de 1574 que toma el de Universidad de San Marcos.
La Universidad inició funciones el 2 de enero de 1553 en la sala capitular del Convento del Rosario de la Orden de los Dominicos, con la concurrencia de la Real Audiencia presidida por el licenciado Andrés Cianca y el enviado de la Corona D. Cosme Carrillo, primer miembro laico del cuerpo docente.
Durante la época virreinal las Facultades fueron cinco. En el período republicano, hasta 1969 llegaron a diez. Al inaugurarse los estudios de la Universidad sus asignaturas iniciales correspondían a las Facultades de Teología y Arte.
Con la incorporación de graduados en Derecho aparece la Facultad de Cánones. Luego se crea la Facultad de Leyes. La Facultad de Medicina funcionó en el siglo XVII. Con el Reglamento de Instrucción Pública de 1850 surgen dos Facultades efímeras: Matemáticas y Ciencias Naturales, las cuales fueron unificadas en 1862 bajo el nombre de Facultad de Ciencias Naturales y Matemáticas, y posteriormente en 1876 toma el nombre de Facultad de Ciencias.
En este año también se crea la Facultad de Ciencias Económicas y Comerciales. Es así que en el siglo XIX, San Marcos tenía seis Facultades: Teología, Letras, Derecho, Medicina, Ciencias Políticas y Administrativas, y la Facultad de Ciencias.
En el siglo XX fueron organizadas cinco nuevas Facultades, cuatro en el área de Ciencias: Farmacia y Bioquímica, Odontología, Medicina Veterinaria, Química y Educación en el área de Humanidades. La de Teología adquirió un régimen distinto en 1935 y dejó de formar parte de San Marcos. En consecuencia, en 1969 solo existían tres Facultades que procedían de la época colonial: Letras y Ciencias Humanas (antes Facultad de Artes), Derecho (Leyes y Cánones) y Medicina.
A partir del siglo XX, con la especialización del conocimiento, muchas carreras se independizaron y motivaron la creación de diversas Facultades, al punto que actualmente la Decana de América cuenta con 62 carreras (correspondientes a cinco áreas académicas) distribuidas en 20 Facultades.
Facultad de Letras y Ciencias HumanasFacultad de Derecho y Ciencia PolíticaFacultad de MedicinaFacultad de Farmacia y BioquímicaFacultad de OdontologíaFacultad de EducaciónFacultad de Química e Ingeniería QuímicaFacultad de Medicina VeterinariaFacultad de Ciencias AdministrativasFacultad de Ciencias BiológicasFacultad de Ciencias ContablesFacultad de Ciencias EconómicasFacultad de Ciencias FísicasFacultad de Ciencias MatemáticasFacultad de Ciencias SocialesFacultad de Ingeniería Geológica, Minera, Metalúrgica y GeográficaFacultad de Ingeniería IndustrialFacultad de PsicologíaFacultad de Ingeniería Electrónica y EléctricaFacultad de Ingeniería de Sistemas e Informática