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La segunda etapa se caracteriza por las extensas luchas en el Sur del país al mando de José Maria Morelos que antes había sido el Cura de Carácuaro, pero al se entrevistado tiempo antes con Hidalgo, este le dijo que se encargara de organizar al pueblo del sur, esta etapa se caracteriza por la organización y definición de este movimiento.
Se le unieron los hermanos Juan, José y Hermenegildo Galeana que contaban con mucha popularidad, tierras y conocimiento. El Virrey Venegas mandó a Francisco Paris a combatir contra Morelos, pero en Tres Palos el ejército insurgente obtuvo la victoria.
José María Morelos y Pavón, comienza a tener victorias en el sur y el centro del territorio nacional. Durante esta etapa, se definieron con claridad los propósitos del movimiento de independencia. El documento que mejor refleja el ideario social y político de Morelos es el conocido con el título de Sentimientos de la Nación donde por primera vez se planteó la independencia de México del dominio español.
En este tiempo se ganaron muchas provincias del territorio nacional y la lucha cobró forma.
Uno de los episodios más importantes durante la lucha de Morelos, lo fue el Sitio de Cuautla; el 23 de Enero de 1812 Morelos derrotó en Tenancingo al brigadier Rosendo Porlier y después se retiró a Cuautla de Amilpas (en el estado de Morelos) para esperar a Callejas. Tenía cerca de 4000 soldados mandados por Matamoros, Galeana y los Bravo. Los realistas contaban con tres divisiones mandadas por Callejas, Llano y Porlier. Estas fuerzas sumaban ocho mil hombres. Morelos resistió terribles asaltos desde el 18 de Febrero hasta el 2 de Mayo de 1812, en que a causa de la falta de elementos de guerra y de alimentos, rompió el sitio salvando la mayor parte de sus tropas.
Morelos se replegó a Orizaba y luego a Oaxaca, donde nombró como su segundo a Matamoros y lo hizo mariscal de campo, lo mismo que a Galeana; además fundó el periódico Correo Americano del Sur.
En Oaxaca se les une Félix Fernández quien más tarde había de cambiar su nombre por el de Don Guadalupe Victoria. De Oaxaca, Morelos partió rumbo al puerto de Acapulco al que tomó el 12 de abril de 1813.
En 1813 fue llamado el Virrey Venegas a España, y su puesto lo ocupó Don Félix Ma. Calleja de hasta 1816.