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El análisis de marcadores genéticos se ha convertido en una herramienta muy importante y ampliamente reconocida para la identificación de individuos y para el estudio de paternidad. Para esto se estudian distintas regiones del genoma humano que son altamente variables en la población y que permiten obtener el perfil genético y distinguir entre distintos individuos. La metodología que se utiliza es básicamente la misma en todo el mundo y consiste en el análisis de entre 13 a 15 marcadores. La paternidad biológica se asigna cuando el hijo/a presenta las características que debe heredar del presunto padre en cada uno de los marcadores genéticos estudiados. A través de este análisis es posible asignar paternidad con un grado de certeza más alto que con cualquier otro sistema, el que se expresa como probabilidad de paternidad. Esta probabilidad debe alcanzar al menos 99,9%. Sin embargo, es posible obtener probabilidades mucho más altas, sobre todo si se incluye a la madre en el estudio. Si las características genéticas del supuesto padre están ausentes en el hijo/a en al menos dos marcadores, se excluye la paternidad biológica.
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