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Según la conocida periodización de George Basalla, la ciencia colonial se caracteriza por la existencia de modestos grupos de científicos, cuyas actividades responden a programas diseñados en la metrópoli y cuyos resultados son procesados por instituciones puestas al servicio de los intereses metropolitanos. En la época de la Ilustración, la situación en América es más compleja, pues si bien los proyectos científicos más importantes parten de la iniciativa oficial y si bien la institucionalización de dichos proyectos dependen igualmente de las autoridades virreinales, también es cierto que los ilustrados criollos van a desarrollar desde ese punto de partida propuestas de investigación que permitirán poner las bases de una ciencia independiente al servicio de las nuevas nacionalidades alumbradas por la emancipación. Una parte de esta ciencia colonial fue producto de la labor de sabios españoles instalados en América. Es el caso de Fausto Delhuyar, de Andrés Manuel del Río o de Miguel Constansó en México, así como el de José Celestino Mutis y Juan José Delhuyar en Nueva Granada o el del solitario Félix de Azara en el Río de la Plata. En contrapartida, aunque no en la misma medida, fueron muchos los científicos criollos que desarrollaron una parte de sus actividades en la metrópoli, bien porque la tomaran como escala obligada en su aprendizaje, bien porque fueran llamados (como en el caso de tantos otros protagonistas de la Ilustración regional española) a desempeñar cargos al frente de instituciones oficiales, como ocurrió con el peruano Francisco Dávila (primer director del Gabinete de Historia Natural), el neogranadino Francisco Antonio Zea (nombrado director del Jardín Botánico de Madrid)
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Según la conocida periodización de George Basalla, la ciencia colonial se caracteriza por la existencia de modestos grupos de científicos, cuyas actividades responden a programas diseñados en la metrópoli y cuyos resultados son procesados por instituciones puestas al servicio de los intereses metropolitanos. En la época de la Ilustración, la situación en América es más compleja, pues si bien los proyectos científicos más importantes parten de la iniciativa oficial y si bien la institucionalización de dichos proyectos dependen igualmente de las autoridades virreinales, también es cierto que los ilustrados criollos van a desarrollar desde ese punto de partida propuestas de investigación que permitirán poner las bases de una ciencia independiente al servicio de las nuevas nacionalidades alumbradas por la emancipación. Una parte de esta ciencia colonial fue producto de la labor de sabios españoles instalados en América. Es el caso de Fausto Delhuyar, de Andrés Manuel del Río o de Miguel Constansó en México, así como el de José Celestino Mutis y Juan José Delhuyar en Nueva Granada o el del solitario Félix de Azara en el Río de la Plata. En contrapartida, aunque no en la misma medida, fueron muchos los científicos criollos que desarrollaron una parte de sus actividades en la metrópoli, bien porque la tomaran como escala obligada en su aprendizaje, bien porque fueran llamados (como en el caso de tantos otros protagonistas de la Ilustración regional española) a desempeñar cargos al frente de instituciones oficiales, como ocurrió con el peruano Francisco Dávila (primer director del Gabinete de Historia Natural), el neogranadino Francisco Antonio Zea (nombrado director del Jardín Botánico de Madrid), o el mexicano José Mariano Mociño, uno de los directores de la Expedición Botánica de Nueva España, que pasó a Madrid, donde desempeñó la dirección del Gabinete de Historia Natural y la presidencia de la Academia de Medicina. Un papel fundamental en el desarrollo de una ciencia americana fue desempeñado por las expediciones científicas promovidas por la Corona y que tuvieron como escenario y como objeto de estudio los territorios (y los mares) del Nuevo Mundo. Sus resultados fueron remitidos evidentemente a los centros metropolitanos (Jardín Botánico de Madrid, Gabinete de Historia Natural de Madrid, etc.), pero su consolidación institucional permitió la continuidad de una labor que por lo general quedó en manos de los discípulos criollos de los sabios españoles que (solos o unidos a sabios locales) habían sido puestos al frente de los proyectos. Y por este camino, muchas de las grandes figuras de la ciencia ilustrada americana se formaron y desarrollaron sus primeras actividades en el marco de estos organismos que eran los herederos de las expediciones científicas. Es el caso de Francisco José de Caldas. Nacido en Popayán, estudió en el Colegio del Rosario de Bogotá, antes de encontrarse con el magisterio de José Celestino Mutis. Viajero infatigable, recorrió incansablemente el territorio del virreinato antes y después de su incorporación a la expedición de Mutis, realizando multitud de investigaciones, especialmente observaciones astronómicas, botánicas y vulcanológicas, antes de ser nombrado director del Observatorio de San Carlos de Santa Fe (1803), una de las instituciones científicas surgidas de la expedición. Sus numerosas obras dieron cuenta de sus preocupaciones en botánica (Memoria sobre el estado de las quinas en general y en particular sobre la de Loja, 1805), geografía (Estado de la Geografía del Virreinato de Santa Fé de Bogotá, 1807), antropología (Del influjo del clima sobre los seres organizados, 1808), astronomía (informe de sus observaciones de 1808 y 1809). Hombre de temperamento dulce, como demuestran las cartas a su esposa, Manuela Barahona, el estallido de la guerra de emancipación le empujó a las filas de los insurgentes, por lo que terminó siendo víctima de la sangrienta represión del general Morillo en 1816. No todos los científicos estuvieron conectados, sin embargo, con las expediciones de la segunda mitad del siglo. Algunos, porque desarrollaron buena parte de su actividad en los años centrales de la centuria, como el peruano José Eusebio Llano y Zapata, hombre de curiosidad universal, según demuestran sus diversas obras de prolijos títulos (Observación diaria-crítica-históricameteorológica o Memorias histórico-físicas-críticas-apologéticas de la América meridional), y también de espíritu emprendedor, que se manifiesta en sus proyectos frustrados de crear una escuela de metalurgia y una biblioteca pública. Otros, porque ejercieron su labor dentro de otras instituciones, algunas de ellas directamente creadas por su iniciativa, como algunas de las más sobresalientes sociedades patrióticas o algunos de los más importantes centros extrauniversitarios de enseñanza. El mexicano José Antonio Alzate (1729-1790)