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Su educación hasta la adolescencia estuvo a cargo de su padre, James Mill, quien le sometió a un rígido programa de estudio, ya que pensaba que todo lo que pudiera ser un hombre se debía a la educación. Se pasaban el día en el despacho paterno, el niño estudiando a su lado y con la licencia de preguntar cuantas cosas no comprendiese. John Stuart nos cuenta en su Autobiografía como se desarrolló su educación primaria y secundaria, bajo la supervisión y la dirección paterna: empezó a estudiar griego a los tres años “aprendiéndome de memoria lo que mi padre llamaba vocablos, que eran una lista de palabras griegas con su significado en inglés y las cuales él me escribía en tarjetas”. El estudio del latín no lo comenzó hasta los siete años, edad a la que leyó seis diálogos de Platón, aunque afirma que no comprendió bien elTeeteto; al mismo tiempo, aprendía aritmética y una gran cantidad de historia. Pocas veces se le consentía la lectura de libros de entretenimiento, como Robinson Crusoe, del que dice que le deleitó toda la infancia. Después de los ocho años John no solo tenía que aprender sino que enseñar también a sus hermanos menores. En esa época se dedicaba ya a la lectura de la Ilíada y la Odisea, de tragedias de Esquilo, Sófocles y Eurípides, de los mejores autores latinos, de una gran cantidad de historia y del estudio minucioso del gobierno romano. Antes de los doce años llegó a dominar el algebra, la geometría, el cálculo diferencial y algunas otras ramas de las matemáticas superiores. Su mayor entretenimiento por entonces era leer libros donde se relataban ejercicios de ciencia experimental. A los doce años comenzó a estudiar lógica. Leyó todo lo que Aristóteles había escrito sobre el tema, a varios escolásticos y a Hobbes. Todo ello con un único profesor, su padre, y en contacto con los eminentes amigos de éste, como era J.Bentham. En las horas de descanso paseaba con su padre y discutían. Al cumplir los catorce años se juzgó que el muchacho había llegado al momento de ver algo del mundo y se le envió al extranjero durante un año. A su regreso comenzaría sus estudios fuera de casa.