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La historia de Assassin’s Creed comienza alrededor de 100.000 años Antes de Cristo, época en que la Tierra era gobernada por los Isu, o la Primera Civilización, seres avanzados con poderes dignos de dioses. Los Isu mezclan su propio ADN con el de primates para crear a los Homo Sapiens, usando tecnología llamada Fragmentos del Edén - exacto, esas manzanitas mágicas que están desde el primer juego. Un día, dos híbridos de Isu y humano llamados Adán y Eva (sí, sí, como los de la Biblia) escapan de un laboratorio robando uno de estos Fragmentos del Edén con forma de Manzana. Usando el poder del Fragmento inician una guerra contra sus creadores. Es en medio de esta rebelión que tres científicos Isu vaticinan una catástrofe natural que podría extinguir toda la vida en la Tierra.
La historia de la rebelión de Adán y Eva se descubre al encontrar todos los glifos de Assassin's Creed II.
Los científicos Isu son Juno, Minerva, y Júpiter - tres nombres que seguro te suenan de la mitología romana. Este grupo crea un aparato llamado el Ojo, que tiene la capacidad de manipular la realidad y podría salvarlos de la catástrofe. Sin embargo, Juno, que detesta a los seres humanos, se rebela contra los otros dos y Minerva encierra su conciencia para siempre en una cárcel digital. Debido a esta telenovela entre científicos, la catástrofe termina llegando y las dos razas quedan casi extintas. Lo peor es que los Isu predicen que la catástrofe volverá a ocurrir: el 21 de diciembre de 2012. Ahora van a pasar muchos años, así que acordate de lo importante: Juno es una Isu que odia la humanidad y ahora está en cautiverio, el Ojo es un aparato que altera la realidad, y en 2012 se acaba el mundo. Sigamos. Los Isu se extinguen, los humanos reconstruyen el mundo y de a poco dos filosofías empiezan a manifestarse. La idea de los Asesinos, aunque sin este nombre, nace con la primera creación de los Isu, Eva, que se alza contra las estructuras de sus amos, y su espíritu revolucionario inspirará cada acto humano de rebeldía. El corazón Templario nace inmediatamente después, cuando Caín mata a su hermano Abel buscando justamente robarle la Manzana del Edén que sus padres habían rescatado de los Isu. La marca de Caín será la cruz que identifique a los templarios del futuro.
Juno, Minerva y Jupiter, revelados en una de las visiones de Desmond de Assassin's Creed III
Las raíces de los Templarios como organización están en una orden religiosa que tuvo muchos nombres, conocida como La Orden de los Antiguos, fundada por el misterioso faraón Semenejkara luego de hallar una bóveda de conocimiento Isu que conectó a su propia tumba. La Orden funciona durante cientos de años sin oposición, infectando primero Egipto, luego Persia, y finalmente Grecia. En el Siglo VI A.C., el filósofo griego Pitágoras se pierde en un inmenso desierto, en el que vive un encuentro casi alucinatorio con el dios Hermes Trismegisto, que es uno de los pocos Isu sobrevivientes. Hermes salva la vida del filósofo y le regala su báculo. Este no es un báculo cualquiera, sino que otorga a Pitágoras la inmortalidad y la revelación de la existencia de los Isu. El sabio recorre Grecia en busca de rastros de esta civilización durante casi un siglo, y en sus viajes conoce a Mirrina, hija del rey Leónidas de Esparta, con la que tiene dos hijos gemelos: Kassandra y Alexios. Poco después Pitágoras encuentra bajo la isla de Tera (hoy Santorini) la entrada a la Atlántida. Dedicará el resto de su vida a custodiarla y estudiar sus secretos, buscando cerrar esa puerta a la civilización Isu.