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Cuenca Alta
El río Bogotá nace en el páramo de Guacheneque en las proximidades del municipio de Villapinzón al norte de Cundinamarca a una altura de 3.300 msnm, recorre la provincia de Almeidas y la sabana de Bogotá de norte a sur bañando con su agua los municipios de Cundinamarca y localidades de Bogotá: Villapinzón, Chocontá, Suesca, Sesquilé, Gachancipá, Tocancipá, Zipaquirá, Sopo, Cajicá, Chía, Cota, Suba, Engativá, Fontibón, Kennedy, Bosa, Funza, Mosquera y Soacha. En la cuenca alta el río tiene un caudal medio de 10 m³/s.
Cuenca Media
En la ciudad de Bogotá recibe las aguas de los ríos Salitre y el Fucha, así como la mayor parte de los desechos líquidos contaminantes (22 m³/s) y algunos desechos sólidos que lo convierten en un cauce de aguas negras muy contaminadas. Uno de sus principales afluentes es el río Tunjuelo, que nace en el Páramo de Sumapaz en la laguna de Los Tunjos, luego de surtir con sus aguas los embalses de Chisacá y La Regadera desemboca en el Bogotá.
En las inmediaciones de las localidades de Engativá y Bosa y los municipio de Tocancipá, [[Chía (Cundinamarca)|Chía], Soacha recibe además las aguas de diferentes fábricas. El agua del río se usa para el riego en el distrito La Ramada abajo de la ciudad de Bogotá.
Cuenca Baja
El Salto del Tequendama.
En la mitad de su recorrido el río abandona la Sabana de Bogotá, deja atrás su caudal apacible y se precipita formando el embalse del Muña, en el poblado de Chusacá en el municipio de Soacha, y después al salto del Tequendama, también en Soacha. En este sitio, el río empieza su torrentoso descenso entre encañonados valles en busca del río Magdalena pasando por los municipios de San Antonio del Tequendama, Tena, La Mesa, El Colegio, Anapoima, Apulo, Tocaima, Agua de Dios, Ricaurte y Girardot.
Desemboca a 280 msnm en el Magdalena, en la ciudad de Girardot, tras descender 3.020 metros.
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