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Tras el establecimiento de la Confederación Peruano-Boliviana, Chile se opuso a esta unión debido a que la Confederación se perfilaba a ser uno de los Estados más poderosos de América del Sur, y se lo tomo como un "peligro" para el equilibrio continental, sino, también un freno para sus posibilidades de expansión económica y territorial. Chile, además se vió afectado en el plano económico tras , la declaración de puertos libres en la Confederación, situación que afectaba severamente la actividad comercial de Valparaíso.
Argentina se opuso a la confederación por el hecho, de que sus relaciones diplomáticas se habian deteriorado, una razon de estas fue el apoyo de Santa Cruz a grupos unitarios que realizaron un aproximado de cuatro incursiones desde el sur de Bolivia a las provincias del norte Argentino en los años previos a la guerra, por lo que Chile y Argentina suscribieron una alianza con el fin de disolver la confederación.