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A la muerte de la reina, su cadáver recibió sepultura en el Convento de San Francisco de Barcelona, donde a lo largo de la Edad Media recibieron sepultura numerosos miembros de la familia real aragonesa, como el reyAlfonso III el Liberal. Allí permaneció sepultado el cadáver de la esposa de Pedro III durante varios siglos, hasta que en 1835 el Convento de San Francisco fue demolido, y la mayoría de los restos de las personas reales allí sepultadas, incluyendo a la reina María de Chipre, fueron trasladados a laCatedral de Barcelona.
En el siglo XX, los restos de la reina fueron colocados en un sepulcro, en el lado izquierdo del Altar Mayor de la Catedral de Barcelona, en el que también se encuentran los restos mortales de otras dos reinas de Aragón, la reinaConstanza de Sicilia, esposa de Pedro III el Grande, y la reina Sibila de Fortiá, cuarta esposa de Pedro IV el Ceremonioso. En el mismo sepulcro también descansan los restos de la reina Leonor de Aragón, reina de Chipre por su matrimonio conPedro I de Chipre, y nieta de Jaime II de Aragón. Los sepulcros, en los que los restos de las reinas fueron depositados en 1998, fueron realizados por el artista catalán Frederic Marès.