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La primera orden religiosa en llegar al Perú fue la orden dominica. Durante el proceso inicial de la conquista, la orden de los Predicadores o de Santo Domingo se encontró representaba por Fray Vicente Valverde, aquel religioso que hiciera el requerimiento al inca Atahualpa y que posteriormente fuera obispo de Cuzco y Protector de Indios frente a los abusos españoles. Fueron dominicos también, Juan de Olías, Jerónimo de Loayza (arzobispo de Lima) y Gaspar de Carbajal, religioso que acompañó a Francisco de Orellana en el descubrimiento del Amazonas en 1542.
Las órdenes religiosas que llegaron al Perú tuvieron diferentes métodos para evangelizar a los indígenas:
Los dominicos se caracterizaron por difundir las enseñanzas escolásticas, centrando la difusión del evangelio a través de colegios y centros superiores de enseñanza. Uno de los más grandes logros de esta orden fue la creación de la Universidad de San Marcos en 1551 por Fray Tomas de San Martín. Los dominicos también pusieron énfasis en el conocimiento de las leguas autóctonas y de las costumbres locales para una adecuada evangelización. Fruto de esta preocupación fue el "Lexicon o Vocabulario general del Peru llamado quechua", de fray Domingo de Santo Tomas publicado en 1560. Esta obra fue un aporte importantísimo pues ayudó al entendimiento de las formas gramaticales y conceptuales de los indígenas.
Los dominicos rápidamente erigieron monasterios por todo el territorio del virreinato peruano, aunque siempre mantuvieron su línea educativa dedicándose durante todo el virreinato a la enseñanza de la fe católica.
Otra importante orden religiosa que llegó en los primeros años de la conquista fue la franciscana. La orden llega al Perú recién en 1542. Esta orden destacó entre las demás por su vocación misionera. Los franciscanos llegaron hasta los lugares más recónditos del virreinato con la finaliad de llevar la palabra de Dios a todos los indígenas, ya que no se conformaban con los centros de enseñanza ubicados en las parroquias o en las reducciones. La labor franciscana no se centró solo en la evangelización, sino también en la enseñanza de labores agrícolas y al aprendizaje del castellano.
La orden agustina arribó al Perú en 1551. Su rápido desenvolvimiento le permitió crecer rápidamente, es por ello que en menos de diez años tuvo iglesias y conventos en las principales regiones del virreinato. Abocada al igual que sus pares a la evangelización indígena, tuvo un papel preponderante en la conversión de los curacas y hombres principales de los ayllus descendientes de los incas. Uno de los principales representantes de la orden es sin duda Fray Antonio de Calancha, autor de una extensa crónica sobre las acciones agustinianas en el virreinato peruano. Los agustinos fueron una de las órdenes que más se dedicaron a la extirpación de idolatrías en los Andes. Sobresale en esta labor Alonso Ramos Gavilán, quien realizó una exhaustiva búsqueda de información sobre los cultos locales y manifestaciones religiosas andinas.
La orden de la Compañía de Jesús o Jesuita llegó al virreinato peruano en 1568. Desde su arribo defendió con energía a los indígenas, obteniendo por ello grandes pleitos con la administración local. Su labor evangelizadora no solo se centró en los indios del común, sino también en los descendientes de los principales curacas incaicos. Es por ello que fundaron en Lima y Cuzco los Colegios Mayores para la educación de la nobleza andina. Para los jesuitas era importante la educación de los españoles. Tanto en Lima como en Cuzco fundaron colegios, y en la ciudad imperial, una universidad.
La lengua nativa no escapó al conocimiento de los jesuitas. Estudiaron a fondo el quechua y el aymara. Fruto de ello fue el diccionario de la lengua quechua de Diego Gonzales Holguín, escrito en 1608 y el "Vocabulario de la lengua aymara" de Ludovico Bertonio, impreso en 1608. Estos textos fueron de vital importancia para la labor evangelizadora pues otorgaban herramientas indispensables para el conocimiento de la lengua local, así como para la correcta interpretación de las tradiciones orales andinas.
La orden mercedaria arribó al virreinato peruano en el temprano año de 1534, sin embargo el número de miembros de la orden no fue significativo en comparación con el número de las otras órdenes religiosas. Su carácter misionero hizo que la orden mercedaria llegara a las altas cumbres cordilleranas en búsqueda de indios para evangelizar. Fueron mercedarios Fray Martín de Murúa, cronista que se dedicó a la recopilación de la historia del Tahuantinsuyo y autor de la crónica "Origen y Descendencia de los Incas" y Fray Diego de Porres, misionero dedicado a la enseñanza de la fe católica, apoyándose en instrumentos nativos como el quipu.