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Khan Academy la inició Salman Khan. Sal nació y creció en Nueva Orleans, Louisiana. Su madre nació en Calcuta, India, y su padre en Barisai, Bangladesh. Él era analista de fondos de cobertura y es graduado de MIT y Harvard.
En agosto de 2004, Sal Khan empezó a apoyar a su prima Nadia a distancia. Ella batallaba con la conversión de unidades. Este agujero tipo "queso gruyer" en su conocimiento no le permitía que la colocaran en el nivel más avanzado de matemáticas. Como en ese momento Nadia estaba en Nueva Orleans y Sal trabajaba en Boston en fondos de cobertura, Sal empezó a apoyarla después del trabajo por teléfono y a través de Yahoo Doodle. A medida que Nadia mejoró en sus clases de matemáticas, Sal también se hizo tutor de sus hermanos Arman y Ali. Más tarde se corrió la voz y se volvió tutor de algunos de sus primos y miembros de la familia. Programar el tiempo se volvió un problema real, y Sal empezó a grabar y publicar videos en YouTube en 2006, para que todos pudieran verlos por su cuenta. Más y más personas empezaron a verlos, y Sal ha continuado haciendo videos desde entonces.
La organización se formalizó como una no lucrativa 501c(3) en 2008. Sal continuó su trabajo en Khan Academy durante su tiempo libre hasta 2009, cuando dejó su trabajo en fondos de cobertura y decidió dedicarse a su proyecto de tiempo completo. Vivió de sus ahorros durante 9 meses, hasta que recibió su primera donación significativa de Ann Doerr. En septiembre de 2010, Khan recibió grandes subsidios de Google ($2MDD) y de Bill and Melinda Gates Foundation ($1.5MDD), con lo que empezó a construir una organización. Sal invitó a Shantanu Sinha de McKinsey & Company para que fuese presidente y COO. Él y Sal habían competido en matemáticas en la secundaria en Nueva Orleans, fueron compañeros de cuarto en su primer año en MIT, y han sido amigos por mucho tiempo. De inmediato contrataron a Ben Kamens y Jason Rosoff, ambos de Fog Creek Software, para dirigir el desarrollo y diseño de software. El pequeño equipo inicial se mudó a un espacio de oficina en octubre de 2010.