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La Contrarreforma toma cuerpo en el Concilio de Trento (1545-1563), que se convoca a petición de todo el mundo, para resolver los litigios planteados. En un principio pretendíareconciliar a la Iglesia católica con los protestantes, pero triunfaron las tesis más intransigentes. El concilio lo convocó Pablo III y lo cerró Pío IV. Tras la discusión se decretaron una serie de normas para los ritos y la organización de la Iglesia, que serían de obligado cumplimiento para todos, y que durarían hasta el siglo XX. Es, ante todo, un concilio normativo en el que se organiza la doctrina y se determinan los dogmas de la Iglesia. Declara que sólo el clero tiene potestad para interpretar la Biblia, y que la fe en Dios es fundamental para la salvación así como las buenas obras. Se estipula el uso del latín en las ceremonias, y se reafirma el poder jerárquico dentro de la Iglesia.
La Inquisición se convierte en la guardiana de la doctrina de la Iglesia y la defensora del Concilio. La Inquisición se había creado para perseguir las herejías, no a los infieles. Era la única institución que tenía una legislación común para todos los reinos y todo el territorio, y por encima de la autoridad política, aunque la ejecución de la sentencia dependía del poder civil.
En el Concilio de Trento se crea el Índex, en 1559, con los libros que estaba prohibido leer a los cristianos. Este Índex no dejará de crecer a lo largo del tiempo.
La complicación de la liturgia hace necesario que la gente tenga una cierta cultura, y el Concilio se preocupa mucho por la educación del pueblo. Nacen, así, las órdenes educativas, como los dominicos o los jesuitas, para enseñar la Doctrina.