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El uso en oftalmología así como en neurocirugía del microscopio para operaciones quirúrgicas se desarrolló a un ritmo muy lento.
Las especialidades en que mas se utiliza son Cirugia Ortopedica y Traumatologia, Cirugia Plástica, Cirugia Maxilofacial, Cirugia Oftamologica y Cirugia Otorrinolaringologica, de acuerdo con un artículo del Dr. Salvador Fernández García: "La microcirugía es una técnica quirúrgica" de la Asociación Española de Microcirugía.
Oftalmología: para colocar suturas muy precisas en la cornea
Otorrinolaringolgía: para realizar procedimientos muy precisos en el oído
Microcirugía nerviosa: para unir pequeños nervios de forma muy precisa
Microcirugía vascular: para unir vasos sanguineos muy finos. Esto se realiza para revascularizar partes del cuerpo que han sido dañadas tras un accidente ( por ejemplo un reimplante de dedo ) o para coger zonas del cuerpo superfluas para reconstruir otras mas importantes
Cirugía de la mano: reimplantes, reconstrucción del dedo pulgar amputado con un dedo del pié para conseguir una mano funcional. La pérdida del pulgar significa perder el 50 % de la función de la mano
Cirugía reconstructiva de cabeza y cuello postumoración . Así se puede reconstuir una mandíbula, la lengua o el suelo de la boca.
Cirugía reconstructiva de la mama postmastectomía: Se puede reconstuir una mama con tejido abdominal
Cirugía recostructiva para cubrir falta de tejidos en cualquier parte del cuerpo.