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Respuesta:
Se pueden diferenciar en el número de protones que contiene el núcleo (es en lo que se diferencian principalmente los átomos de diferentes elementos químicos), en el número de neutrones que hay en el núcleo (para átomos de un mismo elementos químico que tienen diferente número de neutrones en el núcleo esto se denomina isótopos) y en el número de electrones orbitando alrededor del núcleo.
Esto todo da lugar a que dos átomos diferentes en algún aspecto presenten por lo menos una estructura algo diferente y algunas propiedades distintas.
si los quieres diferenciar por # de electrones por ejemplo, puedes tener en cuenta que cada nivel electrónico en ambos elementos tiene diferente cantidad de electrones
electrones por nivel del hierro 2, 8, 14, 2
electrones por nivel del oxígeno 2, 6
puede ser una de las muchas maneras de diferenciarlos :D