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La separación Iglesia-Estado es el concepto legal y político por el cual las instituciones del Estado y religiosas (iglesias) se mantienen separadas y las iglesias no intervienen en los asuntos públicos; teniendo cada parte una autonomía para tratar los temas relacionados con sus esferas de influencia, siendo en la mayoría de las veces parte del proceso de secularización de una sociedad, o el surgimiento con fuerza de grupos religiosos que cuestionan una religión de Estado o iglesia oficial; en este último caso la separación Iglesia-Estado está relacionada con la extensión de la libertad de culto a todos los ciudadanos; y, se condiciona a partir de este derecho la relación entre el Estado y la Iglesia. Ocurre sobre todo en aquellos Estados con religión de Estado u oficial que favorecen legal o informalmente una religión en detrimento de las demás por medio del patronato regio u otras acciones similares.
La separación entre Iglesia (sea esta anglicana, católica, luterana, presbiteriana, o cualquier tipo de culto religioso) y Estado es una idea que comienza a surgir a partir del humanismo, durante el Renacimiento. Se consolida con la Ilustración, por medio de la corriente filosófica racionalista, llegando a ser una política oficial durante la Revolución francesa, la Independencia estadounidense y las revoluciones liberales que buscan deshacer la llamada "alianza entre el Trono y el Altar".
Actualmente, la separación entre la Iglesia y el Estado se encuentra plasmada en muchas constituciones nacionales, mediante el establecimiento de un Estado laico, en unos casos, en otros mediante el establecimiento de un Estado aconfesional. De hecho hubo una tendencia en el mundo desde la edad moderna hacia una secularización del Estado, la cual ha disminuido con el fortalecimiento iglesias protestantes, y sobre todo del Islam.123
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Paul Cliteur, catedrático de Jurisprudencia de la Universidad de Leiden (Países Bajos), establece en su libro Esperanto moral cinco modelos en la relación entre el Estado y la religión:45
Estado laico o religiosamente neutral. El Estado admite todas las religiones pero no apoya ni financia a ninguna. Hay varios modelos, entre ellos la laïcité francesa o la Wall of Separation de EE.UU.
Estado aconfesional o neutro colaborativo. El Estado no tiene una iglesia oficial o religión de Estado, pero si le da importancia a las expresiones religiosas de su pueblo, y por lo tanto no sólo las protege, sino que las fomenta, de forma equitativa entre los diferentes sectores religiosos presentes en su territorio. Éste es un modelo reivindicado por los diferentes sectores religiosos que no tienen estatus de religión oficial.
Estado multirreligioso o con varias religiones oficiales: El Estado ayuda y llega hasta a financiar a varias religiones que reconoce estatales, mantiene a sus clérigos, sus templos y sus actividades. Aunque se den casos de tolerancia religiosa, los beneficios para las religiones oficiales resultan en detrimento de las demás religiones presentes en el territorio.
Estado confesional o con religión oficial. Una iglesia o religión ocupa el lugar junto al Estado en tareas de gobierno y orden público, el Estado mantiene la Iglesia dominante a través de los impuestos de la población. Aunque se den casos en que también se toleran otras iglesias, los derechos de la religión Estatal menoscaban a los demás sectores religiosos que hacen presencia entre su población.
Teocracia o unificado con la religión oficial. Una religión dominante es la que ocupa el poder en el gobierno, por lo general, se establece como la única religión tolerada y todas las demás son suprimidas, se aplican las leyes que conciernen a esa religión. Se mantiene en la Ciudad del Vaticano (también en el Monte Athos y la Orden de Malta en Europa) y en gran parte de oriente próximo, como en Arabia Saudí; se instauró en el poder en Irán a partir de 1979, en Marruecos el rey es a la vez líder político y religioso, y en Pakistán se aplica la sharia especialmente en zonas rurales. Afganistán en los 90 (Estado Islámico y régimen talibán) la aplicó, también se ha aplicado la sharia, aunque a nivel regional, en algunas zonas mayormente musulmanas de Nigeria y Sudán. Aunque existen algunos países islámicos seculares como Turquía e Indonesia, pero en general el islam tiene una fuerte influencia política en la mayoría de países islámicos.
Para Cliteur la teocracia es tan agresiva y rechazable como el ateísmo político, ya que ambos suprimen la libertad religiosa.56