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José María Morelos era hijo de Manuel Morelos, carpintero de ascendencia india, y de Juana María Pérez Pavón, una criolla cuyo padre había sido maestro de escuela en la ciudad. De sus primeros catorce años sólo se sabe que ayudó en lo que pudo al sostenimiento de la familia, y que la enseñanza de las primeras letras corrió a cargo de su madre.
La muerte del padre en 1779 significó un importante cambio. Confiado a la custodia de su tío Felipe Morelos, se trasladó a una hacienda cerca de Apatzingán (Michoacán) y se dedicó primero a la labranza y, poco después, a conducir como arriero una recua de mulas que su tío empleaba para transportar los ricos cargamentos de mercancías entre el puerto de Acapulco (terminal de los galeones de Manila) y la ciudad de México. Esta actividad le proporcionó unos ingresos regulares, que el joven Morelos empleaba en comprar mulas y en sostener a su madre y hermana.
Así vivió hasta cumplir los 25 años; en 1790, ante la insistencia de su madre, que deseaba su ingreso en la carrera eclesiástica con la ilusión de que accediese a una capellanía o beneficio dejado por su bisabuelo materno, José María Morelos se separó de su tío Felipe y regresó a Valladolid para ingresar en el colegio de San Nicolás. Allí tuvo ocasión de conocer a Miguel Hidalgo y Costilla, entonces rector del colegio, con el que coincidió durante dos años. Estudió gramática y latín y dos años más tarde amplió estos estudios en el Seminario Tridentino de la misma ciudad, recibiendo instrucción en retórica y filosofía. El 28 de abril de 1795 recibió el título de bachiller de artes en la ciudad de México.
José María Morelos (detalle de un retrato de Petronilo Monroy)
Poco después solicitó de la jerarquía eclesiástica de Valladolid que se le confiriesen la tonsura clerical, las cuatro órdenes menores y el subdiaconato, lo que consiguió a finales de ese mismo año. En abril de 1796 aceptó una oferta del cura de Uruapan para enseñar gramática y retórica a los niños del lugar, tras recibir la licencia correspondiente. Tras algún tiempo de docencia, el 20 de diciembre de 1797, cumplidos los 32 años de edad, fue promovido al sacerdocio, otorgándosele licencias para celebrar misa, oír confesiones y predicar en Uruapan y en los curatos vecinos.
Se iniciaba así una larga carrera sacerdotal que lo llevaría a ejercer de cura párroco en varias localidades. Primero estuvo en un distrito marginado de Churumuco, etapa durante la cual falleció su madre en Pátzcuaro. Morelos permaneció en Churumuco durante poco más de un año, hasta que en marzo de 1799 se le transfirió a la parroquia de Carácuaro, a unos cincuenta kilómetros de distancia, tan pobre como la anterior pero mucho más poblada. En Carácuaro vivió Morelos toda una década, administrando la parroquia y viviendo de las aportaciones de sus feligreses, que se resistían por todos los medios al pago de los impuestos eclesiales.
Durante este periodo mantuvo y mejoró un negocio de ganado que había iniciado en su época de arriero, administró la herencia de su madre, transfirió a su hermana la casa familiar (actualmente Casa de Morelos en la ciudad de Morelia) y tuvo dos hijos ilegítimos; más tarde, durante el periodo revolucionario, tendría dos hijos más. En 1807 compró en Valladolid una casa a la que añadió un piso en 1809, sin que se tenga la menor certeza de que le llegara noticia alguna de que se estaba preparando una revolución. Bien es cierto que los historiadores señalan, en claro paralelismo con la trayectoria de Hidalgo, la creciente insatisfacción y en todo caso la frustración de Morelos, acumulada a lo largo de muchos años en el ejercicio de sus labores de cura parroquial.