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Nació el 10 de julio de 1509 en Noyon (Francia).
Se formó para el sacerdocio en el Collège de la Marche y en el Collège de Montaigue. Como su padre quería que Calvino se dedicase al Derecho en lugar de a la Teología, ingresó también en las universidades de Orléans y Bourgues. Separado de la Iglesia Católica Romana alrededor de 1530, tras las tensiones religiosas y la violencia generalizada contra los protestantes en Francia. Emprendió estudios sobre la Biblia griega y en 1532 publica un comentario sobre el De Clementia de Séneca. Su asociación con Cop, que acababa de ser elegido rector de la Universidad de París, obligó a ambos a huir cuando Cop anunció su apoyo en 1535 a Martin Lutero.
Fue el redactor del borrador de las nuevas ordenanzas que el Gobierno modificaría y adaptaría como constitución de Ginebra. En 1559 inauguró la academia con Theodore Beza como rector, que muy pronto se convertiría en una verdadera universidad. Aprobó la condena a la hoguera de Miguel Servet cuando el científico católico y unitario fue capturado en la ciudad.
Fue compositor de himnos y compuso un influyente catecismo, cientos de cartas a compañeros reformistas, y comentarios sobre casi todos los libros de la Biblia.
A causa de su mala salud, sufría asma crónica y catarro, Juan Calvino falleció en Ginebra el 27 de mayo de 1564