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Los flagelados son protozoos que poseen en su estructura uno o más flagelos para poder movilizarse, mientras que los ciliados tienen un recubrimiento de cilos (apéndices similares a vellos que están al rededor de la estructura del microorganismo).
Los apicomplejos (Apicomplexa) son un extenso grupo de protistas exclusivamente endoparásitos de animales, con unas 5000 especies descritas. Se caracterizan por la presencia de un orgánulo único denominado complejo apical, una adaptación del organismo que le permite la entrada en la célula hospedadora, mientras que los sarcodinos, también conocidos como rizópodos o clase rhizopoda, son una de las cuatro clases en las que tradicionalmente se dividía el phylum protozoarios, perteneciente al reino animal.