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causas:
Las elecciones presidenciales de 1898 se realizaron después de una campaña agitada por vientos de guerra. Desde marzo de 1897, a nombre de los liberales, Nicolás Esguerra había propuesto un frente nacional, con un ejecutivo plural de liberales y conservadores históricos que excluía del gobierno a los nacionalistas. Por su lado, el partido conservador se oponía continuamente a todo aquello que pudiese llegar a representar el gobierno de los nacionalistas; por ejemplo, declaraba en el acuerdo 3 del 17 de agosto de 1899:Que en la actualidad no existe vínculo político ninguno entre el Gobierno, que es nacionalista y el Partido Conservador; y que, por el contrario, los miembros de esta comunidad son sistemáticamente alejados de la cosa pública...Acuerda . Declarar que el Gobierno actual, por su política y tendencias, no corresponde a los ideales, prácticas y aspiraciones del Partido Conservador.debido a problemas de salud, tuvo que delegar provisionalmente el poder al vicepresidente José Manuel Marroquín.
esto fue aprovechado por los conservadores históricos ya que Marroquín era cercano a este bando. Los primeros actos de gobierno de Marroquín, en materia económica, sorprendieron a todos: los liberales lo aplaudieron y los nacionalistas se sintieron defraudados. Marroquín había comenzado a desmontar la política proteccionista de la Regeneración y a darle vía al libre cambio. Caro le envió mensajes de urgencia a Sanclemente para que viniera a posesionarse, generándose un vacío de poder que permitió que se dieran las condiciones para la guerra. Sanclemente asumió el poder en los primeros días de noviembre de 1898, poniendo fin, de esta forma, a los ochenta días de la administración Marroquín.El vicepresidente Marroquín renunció acosado por las críticas de Caro el 20 de septiembre.
Las reformas políticas a favor del libre cambio que venían promoviendo los históricos y los liberales eran opuestas a los postulados nacionalistas de la Regeneración, por lo que no podía darse acuerdo alguno entre las agrupaciones. A su vez, en cuanto a la concepción del Estado, los postulados conservadores y liberales se oponían a los del Partido Nacional.
La guerra se inicia con el asalto de Bucaramanga por parte de liberales mal organizados, provocando la respuesta del gobierno central.
CONCECUENCIAS
Algunas de las consecuencias de la Guerra de los Mil Días fue la muerte de entre 60 y 130 mil individuos, el daño extensivo en el territorio del país, la ruina económica a nivel nacional y la posterior independencia de Panamá.