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Por cuestiones políticas, en 1969 es retirado de San Marcos luego de ser acusado de aprista. "Yo acepté el encargo de Luis Alberto Sánchez para asumir la dirección del Departamento de Estudios Especiales sólo por intereses profesionales", explicó Kauffman Doig.
No sólo las aulas sanmarquinas albergaron a este ilustre peruano. Universidades como la Pontificia Universidad Católica del Perú y la de Lima, esta última desde su creación, también se beneficiaron con sus cátedras. En la Universidad de Bonn, como profesor visitante, dictó durante dos años la cátedra de "Arqueología peruana y americana". Actualmente es el director del Instituto de Investigaciones Arqueológicas, Históricas y Etnográficas de la Universidad Peruana de Ciencias Aplicadas.
Por su prolífica labor profesional fue honrado con el título de Amauta, el más alto honor al mérito que concede el Perú en el campo de la cultura. Recibió en dos oportunidades el Premio Nacional de Cultura y fue el primer latinoamericano en ser distinguido con la medalla de Neubergh en Suecia, premio otorgado por su importante labor en la arqueología.
Kauffman Doig ha sido condecorado por los gobiernos de Bélgica, Austria y Suecia. Es miembro de número de la Academia Nacional de Historia del Perú y miembro honorario del Museo Barbier-Mueller (Suiza).
Como integrante del Comité Científico del Centro Studi Ricerche Ligabue de Venecia, Kauffman Doig ha dirigido las 15 expediciones "Antisuyo" organizadas por dicha entidad conjuntamente con el Instituto de Arqueología Amazónica. Bajo el patrocinio del gobierno peruano ha venido explorando y redescubriendo los Andes Amazónicos sistemáticamente desde 1980.
También ha conducido expediciones arqueológicas en diversos lugares del país: Chavín, Arequipa, Cusco, Nazca (El Ingenio), Ancón, Pajatén, Laguna de las Momias y Río Tambo. En 1987 dirigió la expedición peruano-guatemalteca a la laguna del Tigre en el Petén occidental en Guatemala, que permitió identificar 94 montículos aún inéditos.
Su mayores aportes se centran sobre la religiosidad andina y la gestación de la civilización peruana ancestral y el porqué de la configuración de su rostro social.
Este último aspecto se fundamenta en el desequilibrio que produjo el permanente crecimiento de la población asentada sobre una naturaleza en extremo limitada en suelos aptos para el cultivo y el resto permanentemente azotada por desastres causados por el fenómeno del El Niño.